Deficitul de magneziu se instalează în momentul când nevoia de magneziu crește subit și nu mai poate fi acoperită printr-o dietă normală. Acest lucru se poate întâmpla, de exemplu, în timpul sarcinii și al alăptării, în perioadele de stres, la persoanele în vârstă sau în cazul pierderilor de apă – adică oricând se elimină mai mult magneziu prin transpirație excesivă, urină, vomă sau diaree. Totodată, persoanele care urmează un anumit tratament medicamentos pentru un timp îndelungat, sunt mai predispuse la deficit de magneziu. Este vorba de medicaţia diuretică, care are ca şi efect secundar pierderea unei importante cantităţi de magneziu. De asemenea, pacienții supuși chimioterapiei cu citostatice, precum cisplatină, sau care iau corticoizi, elimină mai uşor magneziu. O altă categorie afectată de deficitul de magneziu sunt pacienţii cu diabet zaharat tip 1 şi 2, mai mult de 60% dintre aceştia având pierderi urinare importante de magneziu. Persoanele care suferă de HIV, cancer, afecțiuni pancreatice sau ale ficatului au probleme în a asimila magneziul. Și femeile care folosesc contraceptive orale pentru o perioadă îndelungată pot fi afectate de deficitul de magneziu. Contraceptivele orale produc depleţie de magneziu şi cresc nivelul calciului, modificând raportul calciu – magneziu, cu posibile consecinţe cardiovasculare. Magneziul previne şi evenimentele trombembolice pe care aceste preparate le pot induce.